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研究院成立50年来，科学研究主要涉及到人兽共患病、绿色环保型蜂胶疫苗与免疫增强剂、动物繁殖育种、新型动物疫苗、动物医学、动物营养与动物保健品、生物工程技术、畜产食品加工等领域。科研人员艰辛探索，顽强攻关，取得了可喜的成绩。为将科研成果迅速转化成生产力，在多个领域进行了成果产业化尝识。有力地推动了科技和经济的进步与发展。
1、人兽共患病领域
建所初期，根据当时布氏杆菌病的流行特点，开展了流行病学调查、布病防治研究、区域试验和成果推广等工作。
自1963年8月，由郭利川、徐可利等与山东省畜牧兽医总站合作完成的一个大型理论研究及技术推广项目—《山东省家畜布氏杆菌流行病学调查及综合防治技术研究》，研究成果自1971年起，在全省布病流行区及受威胁区普遍推广，累计免疫绵山羊1600万只（次），至1976年实现基本控制布病，每年使我省畜牧业减少经济损失100余万元；1971年新发病人为4921人，1985年后，全省未出现新发病人。成果推广历时20余年，取得了极为显著的社会效益。
自1983年至1986年，张广英等进行了国家攻关项目《应用酶联免疫吸附试验（ELISA）检查牛羊布病》，开创性地采用抗牛IgG重链抗体作为酶标抗体，建立了双项抗原联合检测的实验技术，鉴别强毒布氏菌感染和菌苗免疫反应以及其它病原感染的交叉反应，为牛羊布病的鉴别诊断探寻了新的途径。该技术曾正式应用于青岛市牧工商乳牛一场及二场乳牛和长青县、滨县地区的绵（山）羊布病检疫，表现了良好效果。当时的实际应用效益已达10万元左右。
2、兽医生物制品领域－－绿色环保型蜂胶疫苗与免疫增强剂领域
自1987年，本所开始进行蜂胶疫苗的研究。
1987年，沈志强主持了惠民地区科委立项的《禽霍乱蜂胶灭活疫苗的研究》课题。
1991年，沈志强主持了山东省科委立项的《禽霍乱蜂胶灭活疫苗的研究与应用》课题，加大了对禽霍乱蜂胶疫苗的研究力度。
1993年，沈志强主持了山东省科委立项的《新型家禽免疫增强剂及疫苗试制》课题。
1995年，蜂胶疫苗研究成果获国家发明三等奖项、中国发明专利证书、国家级新产品证书和国家级新兽药证书，成为建国以来山东省唯一获国家级新兽药证书的疫苗产品。这一项发明后来引领了高新技术的创新与发展，带动了一个产业。
1999年，借助本所的生物技术重点开放实验室，独创发明了蜂胶纳米疫苗制造工艺技术，形成了标准化、系列化、多样化，科研成果被国家科技部列为国家级重点科技成果推广。同年，着手实现高新技术产业化。本所以技术入股的形式与本市四家单位成立滨州华宏生物制品有限公司，共同开发蜂胶疫苗。建成了年产20亿羽份的兽药GMP车间，成为滨州的首创。
2000年，承担了国家科技型中小企业创新基金项目《新城疫与大肠杆菌病蜂胶二联疫苗》获创新基金90万元。随后又承担了省科委立项的《畜禽生物技术疫苗的研究开发》、《猪伪狂犬病双基因缺失蜂胶疫苗研究》，市科委立项的《鸡传染性鼻炎蜂胶灭活疫苗的研究》等蜂胶疫苗研究系列课题。
2001年，禽霍乱蜂胶灭活疫苗技术被原国家对外贸易经济合作部、科技部二00一年第十六号令列为《中华人民共和国禁止出口和限制出口技术目录》技术。
2004年，山东省重大科技攻关课题《禽霍乱与大肠杆菌蜂胶灭活疫苗的研制与开发》获山东省科技进步二等奖。同年，与哈尔滨兽医研究所联合承担了国家科技部863项目《禽流感蜂胶疫苗的研究》，标志着本所的创新能力和科技实力跨入国家行列。
2005年，对蜂胶疫苗工艺技术进行新的改进与突破，开展了独创的纳米蜂胶疫苗海绵状结构与疫苗控释工艺技术研究。同年，成功进行了特产动物主要疫病的诊断与疫苗研究。
2006年3月，依托山东绿都生物科技有限公司，建成全球最大的畜禽用蜂胶疫苗研发基地。帮助公司建成了占地面积66600多平方米、总投资1亿多元的兽用生物制品GMP车间，同年8月，有6条生产线（组织毒、胚毒、细胞毒、细菌毒四条灭活疫苗生产线和诊断液、精制卵黄抗体各一条生产线）通过农业部GMP验收，可年产畜禽用蜂胶疫苗100亿头（羽）份。在此基础上，扩大研究范围，开展了铝佐剂、油佐剂等多种佐剂疫苗研究，以及特种动物疫苗、卵黄抗体、诊断试剂等多种生物制品的开发。2007年3月，四条冻干苗生产线通过农业部专家组验收，可年产畜禽冻干疫苗200亿头（羽）份。
2008年，结合分子生物学、细胞免疫学相关新理论与研究方法，开展了多种畜禽细菌性及病毒性疾病蜂胶灭活疫苗的研制，成功研制禽霍乱与大肠杆菌病多价蜂胶二联疫苗、猪伪狂犬病双基因缺失蜂胶疫苗、新城疫＋减蛋综合症＋传支三联蜂胶灭活疫苗等新型畜禽蜂胶疫苗50多种。开展纳米蜂胶控释机理及免疫增强机制研究等，先后发表SCI论文2篇。
2011年12月，“猪瘟耐热保护剂活疫苗及其标准化防治技术产品产业化生产”项目经专家鉴定，其研究成果达到国际领先水平。2012年12月，“猪瘟耐热保护剂活疫苗及其标准化防治技术产品产业化生产”项目获山东省科技进步二等奖。
3、动物繁殖育种领域
自本单位1984年下放地方并改为畜牧兽医研究所后，便开始了家畜新品种选育及研究，逐步形成了良种繁育技术和试验推广两大优势。
（1）渤海黑牛
1984年4月，李福岭等承担了山东省科委立项的《渤海黑牛选育及其品种特性研究》课题，1988年12月鉴定：该课题取得成果达到国内先进水平。获省科技进步二等奖。
（2）鲁北白山羊
1993年由山东省科委立项，冉汝俊等进行了《鲁北白山羊多胎早熟性能选育及开发利用技术研究》，选育后的经产母羊繁殖率达303.96%，屠宰率46.64%，与波尔肉羊杂一代公羔龄体重大。制定了鲁北白山羊山东省地方标准，在滨州六县区推广应用于生产中，育种群种羊达1万只，改良羊3万只，技术受益羊137.48万只。该成果获山东省科技进步三等奖。
（3）洼地绵羊
本所自1985年开始采取科研与生产相结合的方法，建立试验母羊群1000只进行研究。从1986年起，冉汝俊等承担了地区科委立项《洼地绵羊综合技术开发试验研究》、山东省科委立项《洼地绵羊多胎性能选育及开发利用技术研究》的课题。成果及技术首先在全省绵羊生产中应用，受益的母羊累计达150万只。选育后的洼地绵羊具有肉质嫩、无膻味、羊羔多等优点，列为国家“九五”重点攻关项目，制定了洼地绵羊山东省地方标准，成为山东省地方畜禽保护品种。该成果获山东省科技进步三等奖2项。
1987年，冉汝俊等承担了地区科委立项的《滨州地区绵山羊资源利用与产业化开发》项目，多项技术成果在当地乃至东营、德州等毗邻地区广泛应用。该成果获山东省科技星火二等奖。
1998年，经省科技厅批准，本所成立了“山东省洼地绵羊繁育技术研究推广中心”，又经省畜牧办批准，建成立“山东省洼地绵羊原种场”。省农业厅把《洼地绵羊技术推广》列入百项农业科技下乡项目。
2005年，沈志强首次提出应用现代分子育种技术选育洼地绵羊优良品系。《洼地绵羊多胎抗病肉用新品系的选育》和《应用分子育种技术选育肉用多胎洼地绵羊新品系》课题，分别列为2005年度和2006年度山东省农业良种工程。
2008年，沈志强主持的《洼地绵羊高繁殖力基因与抗逆性基因研究》被列为2008年度国家高技术发展计划（863计划）课题，为本院首次独立承担国家863计划，成为本院在分子遗传育种领域科技创新能力的标志。
2011年向新疆推广洼地绵羊200只，成活率达93%以上。
（4）胚胎移植
1999年本所主持省科委立项的《滨州绵山羊胚胎移植技术研究开发》项目，在吸收国内外先进的绵山羊胚胎移植技术的基础上，以国外优良绵山羊品种做供体，以滨州地区绵山羊地方品种作受体，获得成功的受胎率、产羔率。经专家鉴定，属国内领先水平，获滨州市科技进步一等奖。
1998年，本所承担国家重点攻关课题《胚胎生物技术在布尔山羊及多胎洼地绵羊繁育中应用研究》，成功繁育了数百只纯种波尔山羊和德国肉用羔羊，加快了良种改良步伐。2000年，本所成立了胚胎移植中心，占地面积10005m2，建筑面积1049m2，投资150万元建成胚胎移植试验楼，配备价值70万元专用仪器设备，牛羊舍2000多平方米。利用其现代设备加快该项技术成果推广。
2001年，本所主持的《奶牛胚胎移植产业化开发项目》列为山东省农业综合开发项目。当年，注册成立了“山东省滨州金牧有限责任公司”，主要从事动物良种、精液、胚胎移植技术服务。到2003年，有做供体用的纯种波尔山羊150只，加拿大、澳大利亚进口高产奶牛50头，直接经济效益近100万元。2004年，肉羊胚胎移植产业化技术也取得历史性突破，成功产下100多只纯种波尔山羊，本院协作的项目《肉羊胚胎移植产业化技术研究》通过了市科技局组织的技术鉴定，技术水平国内领先。
4、动物医学领域
本单位自下放地方后，便在动物医学领域进行了新的探索。从畜禽疾病预防到诊治，研制了实用性较强的技术和技术产品。
1989年开始，针对兔瘟、鸡新城疫（ND）和鸡传染性法氏囊炎（IBD）、鸡减蛋综合症等当地流行的畜禽疑难病症，由惠民地区科委立项，本院进行了《佐剂生物制剂预防兔瘟的试验》、《减蛋综合症（EDS）灭活疫苗的研究》等课题的研究。经反复试验，成功解决了相关问题。
1990年，本院开展了在鲁北地区危害严重的绵羊“肿头病”的防治，由王玉茂等承担了山东省科委立项的《绵羊‘肿头病’的研究》课题，首次发现并确定了绵羊“肿头病”是双腔吸虫的严重感染引起的，并通过人工感染发病证实。
1992年承担了山东省科委立项的《羊双腔吸虫病综合性防治措施的研究》.
2001年，加强了对水产动物疫病的研究.
2004年，猪链球菌病、猪繁殖与呼吸综合征的研究取得了新的突破。2005年，加强疫病诊断与免疫监测试剂盒及兽药的研发，成功开展了PCR疫病诊断和猪病抗体检测，包括猪瘟、伪狂犬、猪繁殖与呼吸综合征、细小病毒病的抗体检测研究。
2007年至2008年，王金良博士等组织相关人员先后建立了猪蓝耳病、猪伪狂犬、猪圆环病毒病等动物疾病抗体ELISA快速诊断方法，研制了猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒及圆环病毒、兔瘟病毒、鸭肝炎病毒、小鹅瘟病毒等商品化畜禽疾病PCR试剂盒18种。同时建立了新城疫病毒强弱毒株RT－PCR鉴别诊断、高致病性蓝耳病RT－PCR诊断法以及经典美洲蓝耳病与高致病性蓝耳病RT－PCR鉴别诊断方法。广东省进出口检验检疫局、山东省、河南省、四川省动物疫病预防控制中心等单位先后引进推广使用。曲光刚博士等开展了环介导等温扩增技术（LAMP）研究，研制了猪瘟、猪细小病毒、犬细小病毒等多种LAMP检测试剂盒，发表SCI论文2篇。
5、动物药品领域
1987年沈志强开展了《口服补液盐的制造工艺与应用效果研究》，1994年开展了《强力菌枝敌口服液制造工艺及应用效果研究》，选用在国际、国内最新研制开发成功的喹诺酮类抗菌药物系——环丙沙星为主要原料，组合抗菌增效剂（TMP）等，经反复试验，研制成功。预防效果达98%以上，平均治愈率95%以上。
2004年，以山东绿都安特动物药业有限公司为依托，建立动物药业项目，主要从事兽药与动物保健品研发。帮助公司建成了占地面积38000多平方米，总投资2000多万元的兽药GMP车间，2005年5月通过国家GMP验收。现拥有粉散剂、颗粒剂、片剂、口服溶液剂、注射剂、消毒剂等15条GMP标准生产线。沈志强、郭时金等开创了动物药品研发与产业化新领域研发兽药180多种，并联合国内相关动物药业公司先后主持与参与制定兽药国家标准50多个。
6、动物营养领域
八十年代初期，本所进行了《山东省惠民地区牧草引种及利用试验研究》，筛选出适于本区轻度盐渍化土壤的优良草种及饲料作物10余种并推广，达到了国内同类研究先进水平。1990年，主持了惠民地区科委立项的《抗碱抗旱牧草品种选育》课题，通过单株栽培试验，选育出了抗碱抗旱，生命力强、丰产、优质的苜蓿品种。填补了省内空白。
1987年，郭利川等同志主持了惠民地区科委立项的《提高专业户养鸡综合经济效益配套技术研究》课题，1990年，开展了地区科委立项的《矿物饲料添加剂开发研究》课题研究，利用天然矿物所具有的促进机体新陈代谢、防病保健等生物学特性，制成复合矿物饲料添加剂，达国内先进水平。
自1993年，对饲料的研究力度进一步加大,对促卵素的研究与推广取得了一系列突破.
自1998年，开始面向市场开展了“益蛋灵”、“促卵素”、“甜菜碱”、“大蒜素”等20多个饲料添加剂产品的研究，均不含任何激素，属绿色环保产品。
根据养殖业需求，逐步进行规模生产。1999年2月，以动物营养研究室为技术依托，建成了新型饲料添加剂厂，6月份，滨科牌系列饲料获省畜牧局批准文号〔（1999）鲁饲料字372585〕，开始了产业化生产。2000年新租土地6667 m2，以动物保健品研究室为技术依托，建成了500m2的合成饲料添加剂车间。11月份顺利通过了省畜牧局的验收审核，并进行产业化生产。后因原220国道拓宽，此车间被迫拆迁。
2011年，付石军主持的山东省科技发展计划项目《耐热中性植酸酶高产菌株的选育及高表达工程菌的构建》，将耐热中性植酸酶高产菌株的选育与高表达工程菌的构建技术相结合，有效提高了肉仔鸡饲料磷利用率，同时促进了粗蛋白、粗脂肪、钙、铁、锰、锌等的吸收，达到了增产增效的目的。2011年12月，经过专家鉴定，其研究成果达到国内领先水平。获山东省农业科学院科技进步二等奖、滨州市科技进步三等奖1项。
7、新型动物疫苗研究领域
2001年，管宇等完成了“山东省新城疫病毒分离株的F基因的克隆及序列分析”的研究工作，试验结果即新城疫sdbz－s98、sdbz－s99分离株的F基因序列均载入GenBank国际基因库。
2002年管宇等成功利用16S rRNA分子分型技术，对分离的多株禽多杀性巴氏杆菌进行了分子分类。
2005年基因工程平台技术研究取得新进展，应用PAPD法及核准分型法对分离的30余株猪链球菌进行了分型，研制出了十几种PCR诊断试剂盒。
2006年以来，高三阳、张松林、郭广君、肖跃强等博士先后建立病原DNA重组改造和RNA病毒反向遗传操作平台，建立了系统、成熟的病毒和细菌DNA和RNA重组改造技术平台，能够对目的核酸进行改造。
在重大动物病原亚单位疫苗的研究方面，沈志强主持建立了多个原核和真核高效稳定的表达系统，先后完成了PRRSV、PCV2、兔瘟病毒、大肠杆菌、禽霍乱、猪链球菌等病原重要抗原保护性基因的克隆、蛋白的原核和真核表达以及对靶动物免疫保护特性的研究。
2006年至今，相继开展了病毒活载体疫苗、亚单位疫苗、基因缺失疫苗等第二代、第三代疫苗的研制。
8、生物工程领域
1999年，沈志强主持建立了高密度发酵与高效表达工程技术平台，开展细菌与基因工程菌高密度发酵工艺与高效表达技术研究，培养博士1名，硕士10余名，发表SCI论文 3篇，相关工艺技术已经成功推广应用到细菌疫苗和亚单位疫苗产业化生产中。
2008年，沈志强、管宇、梅建国建立了高密度细胞培养工程与细胞生物反应器工程技术平台：猪瘟传代细胞苗、猪伪狂犬病病毒、狂犬病病毒等悬浮培养与高致病性蓝耳病微载体悬浮培养取得可喜进展。
2010年，王文秀先后建立了细胞永生化技术平台，采用转基因和极端条件培养法构建永生化细胞系。现已经实现了鸭胚成纤维细胞、牛睾丸细胞等原代细胞的永生化。实验室还建立了成熟的细胞免疫荧光技术、高效细胞转染技术等细胞工程相关技术。
9、食品科技与安全领域
自1999年开始，沈志强、汤少伟等研制出高碘蛋、低胆固醇蛋等营养保健蛋，2000年相继开发出高锌蛋、高铁蛋、亚麻酸蛋、催乳蛋、红心蛋、三高一低等永康系列高营养蛋。2003年研制出无铅无泥富锌松花蛋等系列产品，年销量10000公斤以上。同时，研制出无铅无泥富锌松花蛋生产配料。
1999年，本所参与注册成立了“滨州牧祥肉类科技开发公司”，加工洼地绵羊优质羊肉精品开始投放市场，并销往内蒙、山西、潍坊等省市，出现供不应求的现象。
2001年，成立了食品科技开发中心。刘冠勇、唐世云等利用渤海黑牛、洼地绵羊等名优地方畜种肉，引进德国“栅栏”等肉食品加工高新技术。按绿色食品标准研制开发的“绿奥特”系列食品，产品有香肠、猪蹄、牛肉等，该项技术荣获滨州市第六届自然科学优秀学术成果一等奖。后来陆续采用乳化技术、腌制技术等开发出低脂、低糖、低胆固醇且具有保健功能的新一代高档肉食品。
2007年，唐世云等改进传统工艺研制出营养丰富、配方科学的即食海蜇系列产品。年生产该系列产品8000公斤。
2011年，沈志强组织开展了瘦肉精、三聚氰胺、霉菌毒素、抗生素残留等食品安全检测试剂盒的研制与应用工作。
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